原状根部土壤取样钻是现代植物根系研究中，常用的取样工具。该原状根部土壤取样钻可以帮助工作人员完成对根部土壤的取样工作，同时还能保存植物根系在土壤中的原结构。所以该原状根部土壤取样钻被许多植物研究教学工作者们所青睐。

根际”是植物根系周围受根系生长活动影响的土壤区域。根际的范围很狭小，一般局限在根系表面几毫米的距离内，因此，根际可以形象地比喻为“根系围巾”。这条“围巾”似乎有一定的魔力，它使得“围巾”内的土壤物理、化学和生物学特性发生了难以琢磨的变化，特别是微生物活动的变化显得变化莫测。根际是根系与外界土壤进行营养物质交换与传递的必经场所，因此这个地方是土壤微生物们最喜欢的大乐园。因此，人们研究根系土壤时，不仅仅会使用原状根部土壤取样钻根际土壤研究土壤与根系的之间的联系，同时还会研究其中的土壤生物、微生物等。例如，使用原状根部土壤取样钻取样后对两个水稻品种根际土壤细菌和氨氧化细菌的群落结构差异进行研究。

通过根盒试验比较了籼稻汕优63和粳稻武运粳7号苗期不同采样期根际土和土体土壤的硝化强度以及氨氧化细菌数量的差异，并且采用16S rDNA PCR-DGGE(Denaturing gradient gel electrophoresis)指纹图谱技术比较分析了上述两种水稻苗期不同采样期根际和土体土壤中细菌及其氨氧化细菌的群落结构变化。

结果表明，两个水稻品种根际土壤中硝化强度和氨氧化细菌的数量随着生育期的延长均表现出一定的正相关性，汕优63籼稻根部土壤中的细菌和氨氧化细菌的丰富度和群落变化特征随着水稻生育时期的延长较武运7号粳稻的变化更为多样，说明籼稻品种根系和根际硝化作用更强，在其根系附近会产生更多的硝态氮。这种差异性严重影响水稻植株对氮素的利用效率。